Offre de post doctorat sur l'évolution d'un métabolisme microbien : la dismutation du soufre
Contexte du Post doc de 18 mois, Ref UMR6197- KARALA-001
BEEP est une unité Mixte de Recherche (UMR6197) du CNRS, de l’UBO et de l’Ifremer localisée à Plouzané. Cette unité propose une approche multidisciplinaire de la biologie et de l'écologie des écosystèmes marins profonds, en considérant à la fois les compartiments microbiens et faunistiques. Elle comprend environ 50 personnels permanents et 40 non permanents qui travaillent sur 2 campus adjacents (IUEM et Ifremer). La personne recrutée sera affectée à l’unité BEEP localisée à l’Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), sous la direction du Dr. Karine ALAIN. Elle sera co-encadrée par le Pr. Junior Violette DA CUNHA du Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030) du Genoscope.
Missions
Ce projet s’inscrit dans le cadre de l’ANR MISD (ANR-22-CE02-0001). Il porte sur l’étude de la dismutation microbienne du soufre, un catabolisme qui pourrait être apparu sur Terre il y a plusieurs milliards d’années. L’objectif de ce post-doctorat est d’étudier l’histoire évolutive de ce catabolisme, par rapport à celle des autres catabolismes du cycle du soufre (ex. la sulfato-réduction).
Activités
Il s’agira de tenter de retracer l’histoire évolutive de la dismutation du soufre par rapport à celle de la sulfato-réduction (et dans un second temps par rapport à celle de la sulfo-oxydation) afin de déterminer lequel de ces catabolismes est le plus ancien et si ce catabolisme est monophylétique ou apparu plusieurs fois par convergence évolutive.
La première étape sera de mettre à jour les organismes codant pour ces différentes voies métaboliques, par des approches de recherche de profils HMMs, et étude de conservation du contexte génomique. Dans un second temps, des analyses phylogénétiques au niveaux de marqueurs cores et de marqueurs des voies d’intérêts seront réalisées, puis des tests de congruence et des estimations de divergence via des modèles d’horloges moléculaires seront réalisés.
Compétences
- Le candidat devra avoir mené des travaux en biologie computationnelle et en évolution
- Compétence ou expertise en phylogénie, tests de congruence
- Compétence ou Expertise en en génomique comparative, en pangénomique, et utilisation de profils HMMs
- Ecriture de scripts
- Maîtrise de l’anglais oral et écrit
- Le candidat devra faire preuve de rigueur et de méthode, être autonome, organisé, savoir travailler en équipe et posséder de bonnes attitudes relationnelles