Les ADN polymérases de l’Archaea hyperthermophile Pyrococcus abyssi : contribution à l’étude des relations structure-fonction

La réplication de l’ADN est un mécanisme fonctionnellement conservé à travers les trois domaines du vivant. Le processus est effectué par des ADN polymérases, accompagnées de deux facteurs accessoires, le PCNA et le RF-C, respectivement le facteur de processivité et le facteur de chargement. Notre modèle d’étude, l'Euryarchaeota Pyrococcus abyssi, possède une ADN polymérase appartenant à la famille B, et une ADN polymérase appartenant à la famille D. En grande majorité, les protéines interagissent avec le PCNA au niveau dune poche hydrophobe, formée par IDCL et la partie C-terminale. Ces interactions sont médiées au travers de motifs communs, dont le motif PIP box. Nous avons démontré que la Pol B ajuste un motif PIP box à l’extrémité C-terminale, alors que la Pol D contient deux motifs d’interaction au PCNA, situés au niveau des extrémités N- et C-terminales. En outre, le travail a permis de mettre en évidence que la Pol D interagit précisément au niveau de l’extrémité C-terminale du PCNA. De plus, le RF-C, via son motif PIP box, maintient le PCNA sur l’ADN et peut bloquer le complexe Pol D-PCNA. Par ailleurs, un motif riche en glycines a été caractérisé chez la Pol D. Ce motif, renommé PYF box, est impliqué dans la thermostabilité de cette enzyme et pourrait participer aux interactions entre les deux sous-unités DP1 et DP2. Enfin, des travaux préliminaires en spectroscopie de fluorescence ont été menés quant à l’étude des complexes nucléoprotéiques. La recherche des motifs, impliqués dans les relations structure-fonction, nous permet de compléter nos connaissances sur les mécanismes du système réplicatif des archées et sur la Pol D, qui reste encore méconnue.