Diversité et activité des communautés microbiennes dans des sédiments marins associés aux émissions de fluides froids

La majorité du méthane, gaz à effet de serre, est stocké dans les sédiments marins. Or seule une faible proportion de ce méthane atteint l’hydrosphére et l’atmosphère, parce qu’il est consommé par un biofiltre efficace constitué d’Archaea anaérobies qui oxydent le méthane (ANME). Ce méthane a une origine principalement biogénique dans les sédiments marins, car il est synthétisé par des Archaea méthanogènes dans des sources profondes, et migre dans des zones spécifiques d’émissions de fluides froids des marges continentales. Dans le but d’étudier la diversité des communautés microbiennes associées à ces émissions de fluides froids, et de déterminer les facteurs géochimiques contrôlant la distribution de ces communautés microbiennes, quatre sites d’un point de vue géochimique et géologique ont été comparés. Dans le cadre de cette étude, des outils de biologie moléculaire (PCR, RT-PCR, clonage) et des marqueurs génétiques (16S, mcrA, dsrB) ont été employés, afin de contourner les limites des approches culturales. Ce travail de recherche a permis: (i) de déterminer la structure et la diversité des communautés Archaea dans des sédiments soumis à des migrations de fluides froids, (ii) de mettre en évidence des communautés méthanogènes actives, (iii) d’observer une dominance de séquences affiliées aux ANME, et (iv) d’identifier des Archaea métaboliquement actives appartenant à des lignées d’Archaea incultivées. Ainsi, cette étude a permi d’élargir nos connaissances de diversité des Archaea présentes dans les sédiments de zones d’émissions de fluides froids des marges continentales.