Etude de la diversité des épibiontes bactériens associés au céphalothorax de la crevette hydrothermale Rimicaris exoculata

Les sources hydrothermales océaniques profondes sont des écosystèmes particuliers situées dans la zone abyssale des Océans. Dans ces environnements dépourvus de lumière, la production primaire d'énergie est réalisée par la chimiosynthèse bactérienne. Ces milieux sont colonisés par des espèces animales, dont la plupart vivent en association plus ou moins fortes avec des micro-organismes. Ces interactions de type symbiotique vont jouer un rôle dans le maintien de la vie dans ces écosystèmes.

La crevette Rimicaris exoculata est une espèce hydrothermale endémique des sites de la Ride Médio-Atlantique (MAR). Elle représente l'espèce majoritaire sur la plupart des sites qu'elle colonise. Ce crustacé possède la particularité d'avoir un céphalothorax hypertrophié à l'intérieur duquel se développe une communauté épibiotique bactérienne dense. Une communauté bactérienne inféodée au tube digestif a également été décrite. Dans un premier temps, ce travail de thèse s'est concentré sur l'observation des changements dans la communauté épibiotique du céphalothorax de R. exoculata au cours de son cycle de vie. Pour ensuite, rechercher quels étaient les métabolismes bactériens mis en jeu dans cette communauté.

Ce travail a permis de confirmer que la communauté épibiotique du céphalothorax de R. exoculata est dominée par deux phylotypes, les Epsilonproteobacteria et les Gammaproteobacteria. Ces deux phylotypes sont présents et semblent actifs. Ils sont éliminés et recolonises le céphalothorax après chaque mue de l'hôte et sont détectées dans l'environnement (transmission horizontale). Cependant, la proportion relative de ces deux phylotypes semble varier au cours du cycle de vie de l'hôte. La recherche sur les voies métaboliques des épibiontes en fonction des conditions géochimiques de différents sites hydrothermaux a permis de corroborer des hypothèses récentes. Les voies productrices d'énergie que sont la méthanotrophie, la sulfo-oxydation/réduction et l'hydrogénotrophie ont été détectées chez les épibiontes du céphalothorax ansi que les voies autotrophes (cycles rTCA et Clavin) qu'elles sont supposées alimenter. Les résultats ont également montré que les voies basées sur l'oxydation des composés soufrés sembleraient majoritaires et en activité constante, alors que les voies basées sur l'oxydation du méthane et de l'hydrogène seraient dépendantes des conditions géochimiques du milieu de vie de l'hôte. Cette étude apporte de nouvelles hypothèses sur la relation entre les épibiontes du céphalothorax et la crevette hydrothermale Rimicaris exoculata.