Mécanismes d'élimination des ribonucléotides de l'ADN chez les Archaea

Les ribonucléotides (rNMPs) sont les dommages à l’ADN les plus fréquents. Lorsqu’ils sont incorporés dans l’ADN les rNMPs peuvent avoir un rôle bénéfique de signal. En revanche, s’ils ne sont pas éliminés de l’ADN, ils peuvent causer des instabilités génomiques. Une des principales sources d’incorporation des rNMPs dans l’ADN sont les ADN polymérases dans les trois domaines du vivant. Nos modèles, les Archaea Pyrococcus abyssi et Thermococcus barophilus, possèdent 2 ADN polymérases réplicatives appartenant à la famille B (PolB) et à la famille D (PolD).Notre objectif est d’étudier les mécanismes permettant l’élimination des rNMPs de l’ADN. Premièrement, nous avons étudié la contribution de l’activité exonucléase de PolB et PolD pour l’élimination des rNMPs. Les résultats montrent que l’activité 3’-5’ exonucléase de PolD est plus efficace pour corriger des rNMPs nouvellement incorporés à l’extrémité des amorces comparativement à PolB. Selon nos données de structure, cette différence n’est pas due à une contrainte physique du rNMP dans le site actif exonucléase. Nous avons ensuite étudié la voie de réparation par excision des ribonucléotides (RER) des Archaea in vitro et in vivo.Nos résultats démontrent que la voie RER est efficace pour corriger les rNMPs appariés et mésappariés. PolB et PolD peuvent être impliquées dans la voie RER, PolB est plus efficace pour l’élimination d’un rNMP apparié alors que PolD serait plus efficace pour corriger un rNMP mésapparié. Nous avons également proposé une voie RER alternative impliquant l’activité 5’-3’ exonucléase de Fen1.Pour finir, nous avons déterminé les concentrations des nucléotides intracellulaires de Thermococcus barophilus, Haloferax volcanii et de leur mutants RNase H afin d’évaluer une possible variation du contenu en nucléotides.