Offre de post doctorat chercheur en microbiologie des grands fonds

L'Université de Bretagne Occidentale (UBO) est une université pluridisciplinaire qui accueille actuellement environ 23 000 étudiants et qui est située dans l'ouest de la Bretagne, en France. L'UBO avec ses partenaires de recherche associés (Ifremer, CNRS) est un acteur majeur dans le domaine des sciences de la mer, notamment dans l'exploration des océans, en particulier la diversité microbienne des océans profonds.

BEEP "Biologie et Ecologie des Ecosystèmes Marins Profonds" (https://www.umr-beep.fr/en) est une unité mixte de recherche (UBO, Ifremer, CNRS) qui a développé des programmes de recherche pour décrire et comprendre la composition, la structure et le fonctionnement des différents écosystèmes des grands fonds marins profonds en couplant des études faunistiques et microbiennes, des communautés aux molécules et vice-versa en utilisant des approches intégrées et multidisciplinaires.

BEEP dispose de l'expertise et des compétences nécessaires pour sélectionner et traiter des échantillons environnementaux provenant d'environnements profonds afin d'effectuer des analyses moléculaires (diversité, phylogénie, omique) et des cultures d'enrichissement  en utilisant des milieux de culture innovants dans le but de cultiver de nouveaux micro-organismes (par exemple ceux qui sont impliqués dans les processus de production de soufre, d'azote et de carbone).
Parmi les nombreux instruments, le laboratoire BEEP a développé un prototype de bioréacteur à haute pression/température (HP/HT), fabriqué par la société par la société HP Systems (La Rochelle, France), permettant de maintenir automatiquement une pression hydrostatique élevée, même lors de l'échantillonnage. Ce bioréacteur continu à haute pression (BHP) est également adapté pour pour la bioproduction de gaz (H2, H2S, etc.) à haute pression par des hyperthermophiles. BEEP a développé l'instrument IBIS (en collaboration avec la société Top Industries), un outil Ifremer combinant des échantillons isothermes et des échantillons isolés par submersion, adapté à l'étude des microorganismes dans les cheminées hydrothermales des grands fonds marins (jusqu'à 6000 m sous la surface de la mer). Ce dispositif est capable de mesurer pression et la température in situ afin d'évaluer la qualité et le conditionnement de l'échantillon. Il permet également le sous-échantillonnage et l'incubation d'échantillons de fluides sans dépressurisation.

Le partenaire BEEP apportera au consortium ANR HOT DOG (https://anr.fr/Project-ANR-22-CE02-0017) son expertise et ses compétences en biologie des micro-organismes des écosystèmes profonds par culture.s dans le domaine de la biologie des micro-organismes des écosystèmes des grands fonds marins en utilisant des méthodologies et des approches dépendantes et indépendantes de la culture, et donne accès à des équipements HP/HT.
et indépendantes de la culture, et donne accès à des équipements HP/HT.
Le BEEP offre un poste de Postdoc dans le projet national HOTDOG financé par l'ANR 2022. Débutant au plus tôt en tôt en octobre 2023, le poste offre la possibilité d'élargir l'expertise et les compétences en microbiologie environnementale en eaux profondes.
L'objectif du projet HOT DOG (Exploring hydrothermal deep-sea vents microbial ecosystems through advanced lab scale approaches) est d'acquérir des connaissances fondamentales sur la dynamique des écosystèmes des cheminées hydrothermales et sur la biodiversité des procaryotes grâce à des approches couplées en laboratoire impliquant la microbiologie à haute pression, les souches modèles, les instruments de criblage rapide miniaturisés et pressurisés, des outils transparents avancés pour la caractérisation in situ et la modélisation numérique. L'objectif principal est de comprendre le fonctionnement de la diversité microbienne et de caractériser les mécanismes d'adaptation des microorganismes aux paramètres environnementaux des cheminées hydrothermales en eaux profondes.

Le post-doctorant effectuera des cultures en bioréacteur HP/HT sur de nouveaux isolats (à partir de l'enrichissement, de l'isolement et du phénotypage par microfluidique) ou sur des isolats connus (p. ex.
phénotypage par microfluidique) ou sur des isolats connus (par exemple Thermococcus barophilus ou Archaeoglobus neptunius) provenant de cheminées hydrothermales en eaux profondes afin d'élucider certaines adaptations fonctionnelles ou d'étudier les réponses physiologiques aux variations des paramètres environnementaux.
Il/elle validera l'implémentation des outils HP (enrichissements sous HP sans rupture de la chaîne de pression, etc), parallèlement, des analyses phénotypiques seront réalisées sous HP sur un à deux modèles biologiques (énumérés ci-dessus).

D'autres travaux peuvent se concentrer sur T. barophilus afin d'affiner le phénotypage à HP à l'aide de la microfluidique, notamment en ce qui concerne la commutation redox (métabolisme du soufre par rapport au métabolisme de l'hydrogène), la formation de biofilms, le métabolisme des peptides ou des polysaccharides, qui sont tous affectés par l'HP chez T. barophilus.
Une autre alternative consiste à caractériser les caractéristiques de la piézophilie chez A. neptunius en se concentrant sur l'autotrophie
et la réduction des sulfates.
La tâche principale du post-doctorant sera d'effectuer des analyses transcriptomiques et il/elle aura la possibilité d'extraire de l'ARN génomique et de l'ADN pour le séquençage. L'accent sera mis sur le traitement bioinformatique et l'interprétation des données générées par NGS.

Le post-doctorant doit avoir une solide expérience et des compétences en biologie des procaryotes avec une bonne expertise dans les approches et méthodologies dépendantes et indépendantes de la culture utilisées pour analyser la diversité microbienne fonctionnelle dans les environnements extrêmes.
Des compétences en bioinformatique sur console et en analyse de données transcriptomiques sont obligatoires.
La connaissance d'un langage de programmation (par exemple python, perl, shell)
sera un avantage.

La personne la plus apte à occuper ce poste s'intéressera à la microbiologie des grands fonds marins et en particulier pour la biologie des extrêmophiles, ainsi que la volonté d'utiliser des outils bioinformatiques.
Le postdoc sera inscrit à l'Institut Universitaire Européen de la Mer (https://www-iuem.univbrest.fr/?lang=en) à l'Université de Brest et sera supervisé par le Professeur M. Jebbar.

Durée du postdoc :

Salarié pour deux ans (01 octobre 2023- 30 septembre 2025) assuré (financement du projet ANR "HOTDOG").

Profil du candidat :

Le candidat doit être titulaire d'un doctorat en microbiologie de l'environnement et d'une solide expérience en (méta)génomique ainsi qu'une bonne expérience dans la culture et la caractérisation de Bactéries anaérobies et Archées.

Salaire :

3350 €

Pour candidater :

Veuillez mentionner le mot-clé Postdoc-Position HOTDOG sur le formulaire de candidature et dans l'objet du message. Veuillez envoyer votre candidature pour ce poste (lettre de motivation, CV, noms de 2-3 références, dossier académique) au plus tard le 1er juillet 2023 à l'adresse suivante :
Contact :
Mohamed JEBBAR (mohamed.jebbar@univ-brest.fr)
Laboratoire de Biologie et d'Écologie des écosystèmes océaniques profonds
UMR 6197 -CNRS-Ifremer-UBO
Université de Bretagne Occidentale (UBO)
Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)
Technopole Brest-Iroise
4, rue Dumont d'Urville, 29280, Plouzané, France
Site web : https://www.umr-beep.fr/